Vùng phía bắc gồm một vòng cung những đỉnh núi băng với khí hậu rất lạnh trên độ cao lớn. Đa số các đỉnh ở phía bắc cao hơn 7.000 m (23.000 foot) trên mực nước biển; đỉnh cao nhất được cho là Kula Kangri, 7.553 m (24.780 foot), nhưng những nghiên cứu chi tiết về địa hình cho thấy Gangkhar Puensum, hiện là núi cao nhất chưa được chinh phục trên thế giới, cao hơn ở mức 7.570 m (24.835 foot). Được những con sông tuyết cung cấp nước, các thung lũng trên núi tại vùng này mang lại các đồng cỏ chăn nuôi cho những người nông dân chăn thả du mục thưa thớt tại đây. Núi Đen tại miền trung Bhutan hình thành một đường phân thuỷ giữa hai hệ thống sông chính: Mo Chhu và Drangme Chhu. Các đỉnh Núi Đen ở độ cao trong khoảng 1500 m tới 2.700 m (4.900 foot và 8.900 foot) trên mực nước biển, và những con sông chảy nhanh đã đào thành những máng sâu tại những vùng núi thấp hơn. Những khu rừng vùng trung tâm cung cấp hầu hết các sản phẩm lâm nghiệp của Bhutan. Torsa, Raidak, Sankosh, và Manas là những con sông chính tại Bhutan, chảy xuyên qua vùng này. Đa số dân cư sống tại những cao nguyên trung tâm.

Ở phía nam, Đồi Shiwalik được bao phủ bởi những rừng cây sớm rụng (deciduous) dày đặc, các thung lũng đất bồi và núi non với độ cao lên tới 1.500 m (4.900 foot) trên mực nước biển. Những đồi thấp chân núi chạy xuống tới đồng bằng cận nhiệt đới Duars. Đa số đồng bằng Duars nằm trong lãnh thổ Ấn Độ, dù có một dải rộng 10–15 km (6–9 mile) kéo dài vào Bhutan. Đồng bằng Duars Bhutan được chia thành hai phần: bắc và nam Duars. Bắc Duars, tiếp giáp với những đồi thấp dưới chân Himalaya, là vùng đất gồ ghề, dốc và khô, đất xốp với nhiều loại động thực vật. Nam Duars có đất đai khá màu mỡ, những đồng cỏ savanna, rừng cây và những con suối. Những con sông từ trên núi, được cấp nước từ tuyết tan hay những cơn mưa gió mùa, dẫn nước vào sông Brahmaputra tại Ấn Độ. Dữ liệu do Bộ nông nghiệp đưa ra cho thấy tại thời điểm tháng 10 năm 2005 nước này có 64% diện tích rừng che phủ.

Khí hậu Bhutan khác biệt theo vĩ độ, từ cận nhiệt đới ở phía nam tới ôn hoà trên các cao nguyên và khí hậu cực trên những đỉnh núi cao quanh năm tuyết phủ ở phía bắc. Bhutan có năm mùa riêng biệt: mùa hè, gió mùa, mùa thu, mùa đông và mùa xuân. Tây Bhutan có những cơn mưa gió mùa lớn nhất; nam Bhutan có mùa hè ẩm và mùa đông lạnh; vùng trung và đông Bhutan ôn hòa và khô hơn phía tây với mùa hè ấm và mùa đông lạnh.

Bhutan hiện là đất nước duy nhất trên thế giới có lượng khí thải cacbon mức âm nhờ diện tích rừng rậm che phủ quá nửa diện tích đất nước. Hiện tại hơn 72% diện tích đất đai Bhutan là rừng rậm tự nhiên, khu bảo tồn quốc gia.